Komunikacija s laboratorijem je od osnovne važnosti. Premda se većina uzoraka nasađuje na rutinsku hranjivu podlogu (npr. krvni ili čokoladni agar), za rast nekih uzročnika potrebno je dodavanje posebnih hranjivih tvari i inhibitora (vidi Selektivni mediji za izolaciju uobičajenih bakterija ) ili neki drugi posebni uvjeti za inkubaciju (npr. specifična temperatura, koncentracija kisika ili ugljikovog dioksida, trajanje). Ako postoji sumnja na ovakve, zahtjevnije patogene ili ako pacijent uzima antimikrobne lijekove, potrebno je obavijestiti laboratorij. Potrebno je naznačiti mjesto uzimanja uzorka kako bi se u laboratoriju mogla ustanoviti razlika između patogena i pripadajuće flore specifične za mjesto uzimanja uzorka.

Korištenje briseva nije preporučljivo. Međutim, ukoliko se bris koristi, poželjnija je upotreba četkastog brisa jer on može obuhvatiti veću količinu uzorka. Brisevi koji se koriste za molekularne testove moraju biti kompatibilni za specifične molekularne analize kojima su namijenjeni. Pogrešna vrsta brisa može dovesti do lažno negativnih rezultata. Brisevi na štapićima od drveta mogu biti toksični za neke viruse. Štapići omotani vatom su toksični za neke bakterije, uključujući klamidije.

Kod uzimanja uzorka za hemokulturu kožu je potrebno dekontaminirati i dezinficirati (npr. obrisati povidon jodidom, osušiti, prebrisati 70%–tnim alkoholom). Uobičajeno se uzima više uzoraka s različitih mjesta venepunkcije, po mogućnosti u trenucima vrhunca vrućice. Nalaz normalne kožne flore u samo jednom od uzoraka krvi najčešće se tumači kao kontaminacija.

Ako je uzorak krvi uzet iz centralnog venskog katetera, također je potrebno uzeti i uzorak periferne krvi kako bi se sistemska bakterijemija mogla razlučiti od infekcije iz katetera. Kulture iz inficiranih katetera obično rastu brže i sadrže više mikroorganizama od istovremeno uzetih kultura uzoraka periferne krvi. Neke gljive, osobito plijesni (npr. Aspergillus spp), obično se ne mogu uzgojiti iz krvi.

Uzorak je u laboratorij potrebno dopremiti žurno, u ispravnom mediju, u uvjetima koji ograničavaju rast bilo koje normalne flore koja potencijalno može zagaditi uzorak. Za točnu kvantifikaciju patogena, dodatni rast patogena mora se spriječiti; uzorke treba transportirati u laboratorij odmah ili, ako je prijevoz odgođen, držati u hladnjaku (u većini slučajeva).

Anaerobne bakterije se ne smiju nasađivati s mjesta gdje predstavljaju normalnu floru jer razlikovanje patogena od normalne flore može biti nemoguće. Uzorci se moraju zaštititi od prisutnosti zraka, što može biti otežano. Za transport obrisaka postoje anaerobni transportni mediji. Međutim, tekući uzorci (npr. sadržaj apscesa) su superiorniji obriscima za izolaciju anaerobnih uzročnika. Tekući uzorci trebali bi se prikupiti špricom iz koje je istisnut sav zrak (kako bi se smanjio doticaj uzorka s kisikom) i prenijeti u laboratorij u šprici (s kapicom bez igle) ili u bočici za anaerobni transport.

Mikobakterije je teško uzgojiti u kulturi. Uzorci koji sadrže normalnu floru (primjerice sputum) moraju se prvo dekontaminirati i koncentrirati. Mycobacterium tuberculosis i neke druge mikobakterije rastu sporo. Rast M. tuberculosis je obično brži u tekućem nego u čvrstom mediju; rutinsko korištenje automatiziranih sustava s tekućim medijima može dovesti do porasta unutar 2 tjedna naprema ≥ 4 tjedna na čvrstim medijima kao što je Lowenstein-Jensen agar. Osim toga, u uzorku može biti prisutna samo mala količina mikroorganizama. Višestruko uzorkovanje sa istog mjesta može doprinijeti povećanju uzorka. Uzorcima treba omogućiti rast tijekom 8 tjedana prije nego što ih se odbaci. M. ulcerans, koja uzrokuje Burulijski čir, zahtijeva do 12 tjedana uzgoja na 32 ° C na Lowenstein-Jensen agaru. Laboratorij treba obavijestiti kod svake sumnje na bilo koju atipičnu mikobakteriju.

Virusi se općenito uzgajaju iz obrisaka i uzoraka tkiva koji se obično transportiraju u mediju koji sadrži antibiotike i antimikotike. Uzorci se inokuliraju u kulturu tkiva koja podržava rast pretpostavljenog virusa, a onemogućuje rast drugim mikroorganizmima. Viruse koji su vrlo labilni (npr. varicella zoster) treba inokulirati u kulturu tkiva unutar 1 sata od uzimanja uzorka. Najosjetljivije su standardne kulture tkiva. Tehnika uzgoja virusa u kojoj se uzorak centrifugira na suspenziju staničnog monosloja u bočici daje brže rezultate (2 dana naspram 7 do 14 dana). Neki uobičajeni virusi se ne mogu detektirati rutinskim uzgojem u kulturi i zahtijevaju alternativne metode dijagnostike (vidi tablicu Dijagnostički testovi za uobičajene viruse koji ne rastu u rutinskim virusnim kulturama), kao što su sljedeći:

• Imunohistokemija za Epstein-Barr virus, hepatitis B i E virus, HIV i humani T-limfotropni virus

• Serološki testovi za hepatitis A i D virus

• Metode na osnovi nukleinskih kiselina za HIV