Analiza želučane kiseline rijetko se radi u praksi. Uzorci sadržaja želuca koji se dobiju nazogastričnom sondom koriste se za mjerenje proizvodnje želučane kiseline u bazalnom i stimuliranom stanju. Ovo može biti korisno kod bolesnika koji razviju recidivirajući vrijed nakon kirurške vagotomije zbog ulkusne bolesti. U ovom slučaju, pozitivan kiselinski odgovor na stimulaciju (lažno hranjenje) upućuje na nepotpunu vagotomiju.

Ovaj test se također koristi za evaluaciju bolesnika s povišenom razinom gastrina u serumu. Hiperklorhidrija uz povišen gastrin ukazuje na Zollinger-Ellisonov sindrom. Hipoklorhidrija uz povećano lučenje gastrina upućuje na oštećenje lučenja kiseline, što je slučaj u pernicioznoj anemiji, atrofičnom gastritisu i Ménétriereovoj bolesti te nakon inhibicije sekrecije želučane kiseline jakim antisekretornim lijekovima.

Za izvođenje analize želučanog sekreta potrebno je postaviti nazogastričnu sondu i odstraniti želučani sadržaj aspiracijom. Potom se želučani sadržaj sakuplja tijekom jednog sata i podijeli u četiri 15-minutna uzorka. Ovi uzorci predstavljaju bazalno lučenje kiseline.