Bakterije se mogu klasificirati prema njihovoj potrebi i toleranciji za kisik:

• Fakultativne: rastu aerobno ili anaerobno u prisustvu ili odsustvu kisika

• Mikroaerofilne: zahtijevaju nisku koncentraciju kisika (npr. 5%) i, za mnoge, visoku koncentraciju ugljikovog dioksida (npr. 10%); vrlo slabo rastu u anaerobnim uvjetima

• Obvezno anaerobne: nesposobne za aerobni metabolizam, ali različito tolerantne za kisik

Obvezni anaerobi se dijele na mjestima s niskim oksidativno-redukcijskim potencijalom (npr. u nekrotičnim, devaskulariziranim tkivima). Kisik je za njih toksičan. Obvezni anaerobi se kategoriziraju na temelju njihove tolerancije za kisik:

• Strogi: toleriraju samo ≤ 0.5% O2

• Umjereni: toleriraju 2 do 8% O2

• Aerotolerantni anaerobi: toleriraju atmosferski O2 kroz ograničeno vrijeme

Obvezni anaerobi koji obično uzrokuju infekcije mogu tolerirati atmosferski O2 najmanje 8 sati, a često i do 72 sata.

Obvezni anaerobi su veliki dio normalne mikroflore sluznica, posebno u ustima, donjem dijelu gastrointestinalnog trakta i rodnici; ovi anaerobi uzrokuju bolesti kada dođe do oštećenja normalne sluzničke barijere.

Gram negativni anaerobi i neke infekcije koje oni uzrokuju uključuju

• Bacteroides (najčešći uzročnik): intraabdominalne infekcije

• Fusobacterium: apscesi, infekcije rana, pluća i intrakranijalne infekcije

• Porphyromonas: aspiracijska upala pluća i periodontitis

• Prevotella: intraabdominalne infekcije i infekcije mekog tkiva

Gram-pozitivni anaerobi i neke infekcije koje oni uzrokuju uključuju

• Actinomyces: infekcije glave, vrata, abdomena i zdjelice, aspiracijska upala pluća (aktinomikoza)

• Clostridia: intraabdominalne infekcije (npr. klostridijski nekrotizirajući enteritis), infekcije mekih tkiva i plinska gangrena uzrokovana C. perfringens; trovanje hranom uslijed infekcije uzrokovane C. perfringens type A; botulizam i novorođenački botulizam uslijed infekcije C. botulinum; tetanus uslijed infekcije C. tetani; i proljev uzrokovan C.difficile (pseudomembranozni kolitis)

• Peptostreptococcus: oralne infekcije, infekcije dišnog sustava te intraabdominalne infekcije

• Propionibacterium: infekcije stranih tijela (npr. drenažnog sustava cerebrospinalne tekućine, proteza zgloba ili srčanih uređaja)

Anaerobne infekcije su u pravilu gnojne, dovode do stvaranja apscesa i uzrokuju nekrozu tkiva, što nekada dovodi do septičnog tromboflebitisa, stvaranja plina, ili oboje. Mnogi anaerobi proizvode enzime koji razaraju tkivo, kao i neke od najjačih poznatih paralitičkih toksina.

Obično je u zaraženim tkivima prisutno više vrsta anaeroba; aerobi su također često prisutni (miješane anaerobne infekcije).

Tragovi kod kojih treba posumnjati na anaerobnu infekciju uključuju

• Polimikrobni rezultati pri bojenju preparata po Gramu ili u kulturi

• Plin u gnoju ili zaraženom tkivu

• Neugodni miris gnoja ili inficiranog tkiva

• Nekroza inficiranog tkiva

• Mjesta infekcije blizu sluznica gdje normalno obitava anaerobna mikroflora

Uzorci pogodni za anaerobnu kultivaciju su aspirati ili bioptički materijal uzet s inače sterilnih mjesta. Dostava u laboratorij mora biti brza, a uzorci se prenose u atmosferi bez kisika, koja se može sastojati od ugljikovog dioksida, vodika i dušika. Obriske je najbolje prenositi u anaerobno steriliziranom, polukrutom mediju, kao što je Cary–Blairov transportni medij.