Encefalitis je obično posljedica virusne infekcije herpes simplex-om, herpes zoster-om, cytomegalovirus-om, ili virusom Zapadnog Nika (West Nile virus).

Infekcije "sporim" virusima, kao što su progresivna multifokalna leukoencefalopatija (uzrokovana JC virusom), ili subakutni sklerozirajući panencefalitis (uzrokovan virusom ospica) također utječu na mozak; njih odlikuje duga inkubacija i produžen tijek bolesti.

SARS-CoV-2 infekcija može rezultirati encefalopatijom, iako nije jasno u kojoj je mjeri uzrok izravna virusna invazija mozga, virusom izazvan moždani udar ili krvarenje, ili sekundarni moždani udari, kao što su hipoksija, abnormalnosti elektrolita i disfunkcija jetre i/ili bubrega.

Određene nezarazne bolesti mogu oponašati encefalitis. Na primjer anti-NMDA (N-metil-d-aspartate) encefalitis, koji uključuje autoimuni proces koji zahvaća proteine neuronskih membrana.

Infekcije mozga često zahvaćaju i druge dijelove središnjeg živčanog sustava (CNS), uključujući kralježničnu moždinu. Mozak i kralježnična moždina obično su zaštićeni od infekcije, no kada se zaraze, posljedice su često vrlo ozbiljne.

Infekcije mogu uzrokovati upalu moždanih ovojnica (meningitis). Često se bakterijski meningitis širi u mozak, uzrokujući encefalitis, inficirajući uglavnom moždani parenhim. Slično tome, virusne infekcije koje uzrokuju encefalitis često uzrokuju i meningitis. Tehnički, kada su zaraženi i mozak i moždane ovojnice, poremećaj se naziva meningoencefalitis. Međutim, izraz meningitis obično se koristi za označavanje infekcije koja uglavnom zahvaća moždane ovojnice, a encefalitis se obično koristi za označavanje infekcije koja uglavnom zahvaća mozak.

Infekcije SŽS-a mogu se manifestirati na sljedeći način:

• Difuzna parenhimska infekcija, što je posljedica encefalitisa, ponekad zahvaća određena područja mozga

• Upala mozga koja je sekundarna infekcija meninga ili parameningealna infekcija

• Fokalna ili multifokalna infekcija (npr. zbog moždanog apscesa, empijema ili gljivične ili parazitarne infekcije poput neurocisticerkoze uzrokovane Taenia-om solium)

Infekcija HIV-om i prionske bolesti također difuzno zahvaćaju mozak .

Zahvaćenost mozga također može biti manifestacija postinfektivnih mehanizama, kao što je akutni diseminirani encefalomijelitis.

Bakterije i drugi infektivni organizmi mogu dospjeti u mozak i moždane ovojnice na nekoliko načina:

• Hematogeno širenje

• Kod penetrantnih ozljeda glave (uključujući i neurokirurške postupke)

• Direktnim širenjem kranijalnih infekcija (npr. sinusitis, osteomijelits)

Mnogi simptomi i znakovi infekcija mozga (npr. akutna ili subakutna obtundacija, epileptički napadaji, žarišni neurološki deficiti, znakovi povećanog intrakranijalnog tlaka) mogu se razviti u različitim infekcijama mozga (npr. apsces mozga, intrakranijalni epiduralni apsces, subduralni empijem); stoga su neuroradiološke metode često potrebne za razlikovanje infekcija.