Infekcije mokraćnog sustava (IMS) mogu se podijeliti na infekcije gornjeg mokraćnog sustava, koje zahvaćaju bubreg (pijelonefritis) i na infekcije donjeg mokraćnog sustava, koje zahvaćaju mokraćni mjehur (cistitis), uretru (uretritis) i prostatu (prostatitis). Međutim, u praksi je ponekad nemoguće razlučiti radi li se o infekciji gornjeg ili donjeg dijela mokraćnog sustava, pogotovo kod djece, jer se infekcija može proširiti iz jednog dijela sustava u drugi. Iako su uretritis i prostatitis infekcije koje zahvaćaju mokraćni sustav, pod pojmom IMS u svakodnevnom radu obično podrazumijevamo pijelonefritis i cistitis.

Većinu cistitisa i pijelonefritisa uzrokuju bakterije. Najčešći nebakterijski uzročnici su gljivice (obično kandida), a rjeđe mikobakterije, virusi i paraziti. Nebakterijski uzročnici obično se javljaju kod imunokompromitiranih, kod bolesnika s prisutnim dijabetesom, s prisutnom opstrukcijom ili strukturalnim abnormalnostima urinarnog trakta, kao i kod onih koji su nedavno imali urološku intervenciju.

U imunokompetentnih bolesnika, virusi nemaju značajan doprinos za razvoj IMS, s izuzetom adenovirusa (koji su povezani s hemoragičnim cistitisom).

Glavne parazitne bolesti mokraćnog sustava su filarijaza, trihomonijaza, lišmanijaza, malarija i shistosomijaza. Od parazitskih bolesti, samo je trihomonijaza učestala u SAD-u, obično kao spolno prenosiva bolest (SPB).

Uretritis obično nastaje u sklopu SPB. Etiologija prostatitisa je obično bakterijska, a ponekad se javlja u sklopu SPB.