Zdrava osoba živi u skladu s mikrobnom florom koja pomaže u obrani svog domaćina od naseljavanja patogena, kako obično nazivamo mikroorganizme sa sposobnošću izazivanja bolesti. Mikrobna flora većinom se sastoji od bakterija i gljiva. Ona uključuje normalnu floru domaćina koja je cijelo vrijeme prisutna u tijelu i koja se, ako se poremeti, brzo ponovno obnavlja, te tranzitornu floru koja nije stalno prisutna, no može se privremeno nastaniti u domaćinu na nekoliko sati do tjedana. Organizmi koji čine normalnu floru mogu ponekad uzrokovati bolest, osobito kad su obrane domaćina oslabljene.

Tropizam (sklonost inficiranja određenih tkiva), određuje koje će dijelove tijela mikroorganizmi naseliti. Osim tropizma, na normalnu floru utječu i mnogi drugi čimbenici (npr. prehrana, higijena, sanitarne okolnosti, zagađenje zraka). Primjerice, laktobacili se često nalaze u crijevima osoba koje konzumiraju veće količine mliječnih proizvoda; Haemophilus influenzae kolonizira traheobronhalno stablo kod bolesnika s KOPB-om. Kao rezultat toga, različiti dijelovi tijela imaju različite mikrobne zajednice koje se formiraju u mikrobiome, a sami mikrobiomi se međusobno razlikuju po svom mikrobiološkom sastavu i funkciji.