Bolovi u području bubrega ili uretera obično su neoštro ograničeni u slabinskom području ili križima, a mogu se širiti na istostranu ilijačnu regiju, gornji dio bedra, testis ili labije. Tipično, bol uzrokovana kamencima je po tipu kolike i može biti prostrirajuća; više je konstantna kada je uzrokovana infekcijom. Akutno zadržavanje mokraće distalno od mokraćnog mjehura uzrokuje suprapubičnu bol; kronična urinarna retencija uzrokuje manju bol, a može biti i asimptomatska. Dizurija je simptom nadražaja mjehura ili uretre Bol iz prostate se očutuje kao neoštro ograničena nelagoda i osjećaj punoće perinealne, rektalne ili suprapubične regije.

Simptomi opstrukcije mokraćnog mjehura uključuju odgođeni početak mokrenja, naprezanje, smanjenje mlaza mokraće i kapanje po završetku mokrenja. Inkontinencija ima više oblika Enureza nakon 3. ili 4. godine ukazuje na stenozu uretre u djevojčica, a na stražnje uretralne zaliske u dječaka, odnosno na psihološke probleme ili novonastalu infekciju.

Pneumaturia (zrak u urinu) sugerira na vezikovaginalnu, vezikoenteričnu ili ureteroenteričnu fistulu; zadnje 2 može biti uzrokovano divertikulitisom, Crohnovom bolesti, abscesom ili rakom debelog crijeva. Pneumaturia također može biti zbog emfizematoznog pijelonefritisa.

Bolnost izazvana lumbalnom sukusijom obično govori za pijelonefritis ili obstrukciju mokraćnih putova (npr. kamencima).

Tijekom rektalnog pregleda, prostatitis se može dijagnosticirati kao prostata osjetljiva na dodir. Fokalni čvorovi i manje diskretna tvrda područja moraju se razlikovati od raka prostate. Prostata može biti simetrično uvećana, gumasta, i mekana u benignoj hiperplaziji prostate.

Preponski i genitalni pregled treba učiniti dok pacijent stoji. Ingvinalna hernija ili adenopatiju može objasniti bol skrotuma ili u preponi. Asimetrija, oteklina, crvenilo ili diskoloracija testisa može ukazivati na infekciju, torziju, tumor, ili druge mase. Horizontalni položaj testisa (zvono-batić deformacija) ukazuje na povećan rizik od torzije testisa. Povišenje jednog testisa (obično je lijevi niži) može biti znak terzije testisa. Penis se pregledava sa i bez povučene kožice. Pregled penisa može detektirati

• Hipospadiju ili epispadiju u dječaka

• Peyronijeva bolest u muškaraca

• prijapizam, čir, i iscjedak u pojedinoj skupini

Palpacijom se otkriva ingvinalna hernija. Refleks kremastera može biti odsutan u torziji testisa. Lokacija mase u odnosu na testise i stupanj i mjesto osjetljivosti može pomoći u diferencijaciji promjena na testisima (npr spermatokela, epididimitis, hidrokela, tumori). Ako je prisutna oteklina, područje treba prosvjetliti kako bi se utvrdilo je li oteklina cistična ili solidna. Fibrozni plakovi na dorzumu penisa ukazuju na Peyronijevu bolest.

Analiza mokraće je presudna u procjeni uroloških poremećaja. Često se traže i slikovni prikazi (npr. UZ, CT, MR). O pretragama sperme vidi str. vidi: Poremećaj sjemena.

Određivanje tumorskog markera za rak prijelaznih stanica mokraćnog sustava je osjetljivije od citologije urina za otkrivanje karcinoma niskog stupnja, ali nije dovoljno osjetljivo da bi moglo zamijeniti endoskopiju. Citologija urina je najbolja za otkrivanje raka visokog stupnja malignosti.

Prostata–specifični antigen (PSA) je glikoprotein nepoznate funkcije, koji stvaraju epitelne stanice prostate. Koncentracija mu je povišena kod raka prostate, ali i kod niza drugih poremećaja (npr. benigna hiperplazija, infekcija, trauma). PSA se mjeri za otkrivanje recidiva raka nakon liječenja; njegova široka primjena za probir raka je sporna.