Poremećaji spolnih kromosoma mogu uključivati aneuploidiju, parcijalne delecije ili duplikacije spolnih kromosoma ili mozaicizam.
(Vidi također Pregled kromosomskih anomalija.)
Poremećaji spolnih kromosoma su česti i uzrokuju sindrome koji se manifestiraju nizom prirođenih i razvojnih anomalija. Na njih se rijetko posumnja prenatalno, ali se mogu otkriti slučajno tijekom kariotipizacije učinjene iz drugih razloga, npr. zbog poodmakle majčine dobi. Često ih je teško prepoznati prilikom poroda te mogu ostati nedijagnosticirani sve do puberteta.
U usporedbi s analognim poremećajima autosoma, poremećaji X kromosoma imaju blažu kliničku sliku. Žene s 3 X kromosoma se često čine tjelesno i kognitivno normalne i nemaju problem s plodnošću. Nasuprot tome, sve poznate trisomije autosoma imaju izrazito oštećujuće učinke. Slično tome, dok nedostatak 1 X kromosoma (monosomija X) uzrokuje specifični sindrom (Turnerov sindrom), nedostatak jednog autosoma beziznimno je smrtonosan.
Lyoničina hipoteza (inaktivacija X kromosoma)
Za razliku od muškaraca, žene za svaki gen na kromosomu X imaju po 2 lokusa, jer imaju 2 X kromosoma. Činilo se kako bi ova neravnoteža trebala izazvati genetički problem vezan za “dozažu”. Međutim, prema Lyoničinoj hipotezi, jedan od dva X kromosoma u svakoj tjelesnoj stanici žene je genetički inaktiviran rano tijekom embrionalnog života (oko 16. dana). U biti, bez obzira na to koliko ima X kromosoma, inaktivirani su svi osim jednoga. Međutim, molekularno genetička istraživanja pokazala su kako neki geni na inaktiviranom X kromosomu (ili kromosomima) ostaju funkcionalni i ta nekolicina je neophodna za normalni ženski razvoj. XIST je gen koji je odgovoran za inaktivaciju gena na X kromosomu, stvarajući RNA koja izaziva inaktivaciju.
Inaktivacija majčinog ili očevog X kromosom je nasumičan događaj u svakoj pojedinoj stanici za vrijeme inaktivacije; taj isti X ostaje inaktivan u svim stanicama kćerima. Stoga su sve žene mozaici te imaju neke stanice sa aktivnim majčinim X kromosomom i druge sa aktivnim očevim X kromosomom.
Ponekad, nasumična statistička distribucija inaktivacije u relativno malom broju stanica koje postoje u doba inaktivacije, dovodi do osobitog tkiva u kojem je pretežito aktivan majčin ili očev X kromosom (neuravnotežena inaktivacija). Neuravnotežena inaktivacija je odgovorna za rijetke manifestacije blagih simptoma u žena koje su heterozigoti za X-vezane poremećaje poput hemofilije i mišićne distrofije (pretpostavlja se da bi sve one bile asimptomatske kada bi raspodjela aktivnih X kromosoma bila 50:50). Neuravnotežena inaktivacija se također može dogoditi postinaktivacijskom selekcijom.