Poremećaji spolnih kromosoma mogu uključivati aneuploidiju, parcijalne delecije ili duplikacije spolnih kromosoma ili mozaicizme.
(Vidi Pregled kromosomskih anomalija.)
Poremećaji spolnih kromosoma su česti i izazivaju sindrome u koje spada niz prirođenih i razvojnih poremećaja. Na njih se rijetko posumnja prenatalno, ali se mogu otkriti slučajno tijekom kariotipizacije učinjene iz drugih razloga npr. zbog odmakle dobi majke. Često ih je teško prepoznati prilikom poroda te mogu ostati neotkriveni sve do puberteta.
U usporedbi s analognim poremećajima autosoma, poremećaji X kromosoma su blaži. Žene s 3 X kromosoma se često čine tjelesno i mentalno zdrave i plodne. Nasuprot tome, sve trisomije autosoma imaju pogubne učinke. Na sličan je način, nedostatak 1 X kromosoma, premda izaziva specifični sindrom (Turnerov sindrom), relativno bezazlen, dok je nedostatak jednog autosoma beziznimno smrtonosan.
Lyoničina hipoteza (inaktivacija X kromosoma)
U usporedbi s muškarcima, žene za svaki gen koji je povezan s X kromosomom imaju po 2 lokusa. Činilo se kako bi ova neravnoteža trebala izazvati genski problem “doze”. Međutim, prema Lyoničinoj hipotezi, jedan od dva X kromosoma u svakoj tjelesnoj stanici žene je genski inaktiviran rano tijekom embrionalnog života (u ili oko 16. dana). U biti, bez obzira na to koliko bilo X kromosoma, inaktivirani su svi osim jednoga. Međutim, molekularno genetička istraživanja su pokazala kako neki geni na inaktiviranom X kromosomu (ili kromosomima) ostaju funkcionalni, a ta nekolicina je od osnovne važnosti za normalni ženski spolni razvoj. XIST je gen koji je odgovoran za inaktivaciju gena na X kromosomu, stvarajući RNA koja izaziva inaktivaciju.
Hoće li biti inaktiviran očev ili majčin X kromosom predstavlja u svakoj pojedinoj stanici nasumično zbivanje za vrijeme inaktivacije; isti X ostaje inaktiviran u svim potomcima te stanice. Stoga su sve žene mozaici, kod kojih je u nekim stanicama aktivan majčin X kromosom a u drugima očev X kromosom.
Ponekad, nasumična statistička distribucija inaktivacije u relativno malom broju stanica koje u doba inaktivacije postoje, dovodi do osobitog tkiva u kojem je pretežito aktivan X kromosom porijekla majke ili oca (neuravnotežena inaktivacija). Neuravnotežena inaktivacija je možda odgovorna za rijetke manifestacije blagih simptoma u žena koje su heterozigoti za X vezane poremećaje, poput hemofilije i mišićne distrofije (može se pretpostaviti da bi, kada bi raspodjela aktivnih X kromosoma bila 50:50, sve one vjerojatno bile bez simptoma). Neuravnotežena inaktivacija se također može zbiti post-inaktivacijskom selekcijom.